ولد محمد المختار بن محمد سيد الأمين بن حبيب الله بن مزيد الجكني الشنقيطي في منطقة الشفيق على مقربة من مدينة الرشيد؛ في بلاد شنقيط بموريتانيا عام 1337هـ، ونشأ في بيت علم حيث كان جده عالماً، ووالده شيخاً لقبيلة آل مزيد الجكنية.
بدأ حفظ القرآن وهو صغير على يد والدته حتى وفاتها، ثم على يد والده إلى أن أتمه، ثم شرع في قراءة ودراسة رسم المصحف وضبطه، وما يتعلق بذلك من علوم القرآن وفنونه على عدد من علماء بلده، منهم: الشيخ محمد بن السالم، والشيخ محمد بن محمود الحبيب، ودرس كذلك النحو، والصرف، والفقه وأصوله على يد الشيخ أحمد بن خود.
وفي عام 1356هـ هاجر إلى الحجاز، فنزل أولاً في مكة المكرمة ثم توجه إلى المدينة المنورة، وفيها التحق بحلقات العلم في المسجد النبوي الشريف، وكان من شيوخه: الشيخ عمر السالك، والشيخ محمد الأمين بن عبد الله الحسن.
ثم رجع إلى مكة المكرمة، وأقام فيها أربع سنوات يطلب العلم بأنواعه على علماء المسجد الحرام، ومن شيوخه: الشيخ محمد العربي التباني، والشيخ محمد تكر الإفريقي، والشيخ حسن المشاط، والشيخ محمد أمين كتبي.
ثم عاد إلى المدينة المنورة، وأخذ مكانه للتدريس في المسجد النبوي، وكان له خمس حلقات بعدد الصلوات الخمس، يدرس فيها مختلف العلوم الشرعية والعلمية، حيث ضرب في كل فن من الفنون بسهم وافر.
وتولى الخطابة في مسجد قباء، وخصص فيه يومي الاثنين والخميس من كل أسبوع للتدريس، وبقي فيه حتى عام 1366هـ. حيث انتقل للتدريس في مدرسة الفلاح بجدة، وفي عام 1371 هـ انتقل إلى الرياض للتدريس في معهدها العلمي، وبقي فيه إلى عام 1377هـ.
وفي عام 1378هـ، صدر قرار بتعينه مدرساً في دار الحديث بالمدينة المنورة، وبقي فيها حتى عام 1403 هـ، حيث أحيل إلى التقاعد، فتفرغ للعلم والتدريس في المسجد النبوي حتى وفاته عام 1405 هـ.
كان صاحب الترجمة عالماً من علماء المدينة الكبار، وكان له تلاميذ ومحبون لازموه لفترة طويلة، ونهلوا من علمه وأصبحوا علماء، منهم: إبراهيم بن محمد بن إبراهيم آل الشيخ، وراشد بن حنين، وعطية محمد سالم، وعبد الله الزاحم، ونايف هاشم الدعيس، وعبد الله إبراهيم الأنصاري، ومحيى الدين كمال، وعلي مشرف، وعبد المحسن آل الشيخ، وغيرهم.
وكان الشيخ مقلاً في التأليف، حيث وهب نفسه وحياته لدراسة العلم، وتعليمه ونشره بين أهله وذويه، سواء في المعاهد والمدارس أو في المسجد النبوي، وكان له من المؤلفات المطبوعة: - الجواب الواضح المبين في حكم التضحية عن الغير من الأحياء والأموات.
- شرح سنن النسائي.
كما ترك الشيخ مكتبة عامرة بأمهات الكتب والمراجع في مختلف الفنون والعلوم يستفيد منها الباحثون وطلاب العلم.
كذلك فقد خلف عدداً من الأبناء العلماء الذين ساروا على طريقته ونهجوا نهجه في نشر العلم والتدريس في حلقاته، منهم: الدكتور عبد الله بن محمد المختار، والشيخ محمد بن محمد المختار.