ضم مكتبة المؤسسة مؤلفات المفتي الشهيد الشيخ حسن خالد البالغة أربعة عشر مؤلفاً بالإضافة إلى مجموعة كبيرة من الكتب والمؤلفات والمراجع الهامة المتنوعة المواضيع والتي كانت شكّلت بمعظمها في أيام حياته مكتبته الخاصة التي كان يوليها مجالاً واسعاً من الإهتمام والعناية.
وبإنتظار أن تأخذ هذه المجموعة الكبيرة من الكتب الهامة أماكنها في المكتبة العامة التي تسعى المؤسسة لتحقيقها من ضمن مشروع المركز الثقافي, الذي نأمل أن يرى النور في المستقبل القريب, فقد وضعناها في مبنى المؤسسة في متناول ذو الاختصاص والمتتبعين لشؤون العلم والتربية والثقافة.